१९८७ सालापासून शेतकरी संघटना विश्वनाथ प्रतापसिंग यांचा विकल्प उभा करण्याच्या कामास हातभार लावू लागली. ८९ सालच्या लोकसभा निवडणुकीत संघटनेने जनता दलाच्या उमेदवारांना पाठिंबा दिला.९० सालच्या विधानसभेच्या निवडणुकीच्या वेळी निवडणुक लढविण्यासाठी अनेक मतदारसंघात जनता दलाकडे उमेदवारदेखील नव्हते, अशा परिस्थितीत संघटनेने आपले कही कार्यकर्ते जनता दलास उपलब्ध करून दिले.राजीव गांधींच्या काँग्रेस शासनाला सज्जड पर्याय तयार करणे आणि त्यातून कर्जमुक्ती आंदोलन पुढे रेटणे अशी संघटनेची थोडक्यात रणनीती होती.
जनता दलाच्या युतीचा अनुभव पहिल्यापासून मोठा कष्टदायी राहिला. निवडणुका तोंडावर आल्या असतांना आणि खुद्द निवडणुकांच्या रणधुमाळीत पुरोगामी लोकशाही आघाडीतील राजकीय पक्षांच्या नेत्यांनी, एवढेच नव्हे तर परवा परवा काँग्रेसमधून फुटून आलेल्या किरकोळ कार्यकर्त्यांनी संघटनेचा दुःस्वास केला. तो सहन करूनही संघटनेने जनता दलाबरोबरचे संबंध कायम राखले, राजीव गांधींना ८९ मध्ये विश्वनाथ प्रतापसिंगांखेरीज जास्त प्रभावशाली पर्याय कोणी नाही या एकाच कारणाखातर.
शेतकरी संघटना आणि जनता दल यांचे वैचारिक एकमत कधी झालेच नाही. संघटना सर्व प्रश्न साकल्याने अभ्यासून विचाराचे एकसुती महावस्त्र घेऊन निघालेली. या उलट जनात दल म्हणजे अनेक विचारांचा आणि मतामतांचा निव्वळ गजबजाट. भिन्न भिन्न मते पुरोगामी लोकशाही आघाडीत असावीत हे साहजिकच होते. शेवटी ती एक आघाडी होती. पण, जनता दलाच्या नेत्यांत तर्कशुद्ध, वास्तवाचे भान राखणारा विचार ठेवणारा कोणीच नव्हता. प्रत्येकाची काही आवडती वाक्ये, काही लाडके छंद, त्यात पुष्कळसा राजकीय, आर्थिक लाभाचा विचार. जनता दलाच्या, चिंध्या कशाबशा शिवून तयार केलेल्या गोधडीचे संघटनेच्या महावस्त्राशी जमले असते तरच मोठे आश्यर्च.
कर्जमुक्तीच्या आंदोलनामुळे संघटनेचे हात अडकलेले होते. कर्जमुक्तीची शेतकरी संघटनेची संकल्पना दूर करून पंतप्रधान विश्वनाथ प्रतापसिंग यांच्या शासनाने देवीलाल-पुरस्कृत सरसकट कर्जमाफीची महागडी आणि तत्त्वहीन योजना स्वीकारली. या निर्णयासाठी जनता दलाच्या धुरीणांचा शेतकरी संघटनेविषयीचा विद्वेष कारण होता. अर्थमंत्री मधु दंडवते यांचे पुतळे जाळण्याचा कार्यक्रम संघटनेने हाती घ्यावा लागला त्याच दिवशी जनता दल आणि संघटना यांच्यातील फारकतीला सुरुवात झाली.
