शेकटकर, दत्तात्रेय बालाजी संरक्षण खंड अतिरेकी, देशद्रोही बंडखोरांविरुद्ध कारवाई करण्याची जबाबदारी त्यांच्यावर सोपवण्यात आली होती. भारताच्या ईशान्य भागातील अन्य देशांसोबतच्या सीमारेषांवर नियंत्रण ठेवण्याचे कार्यही त्यांच्यावर सोपवण्यात आले होते. ४ एप्रिल २००० रोजी आसाममधील शिवसागर येथे एकाच वेळी सर्वाधिक पाचशे छत्तीस बंडखोरांनी आपली हत्यारे व दारूगोळ्यासह शरणागती पत्करली होती. आसाममधल्या या सैनिकी कारवाईचे प्रमुखपद त्यांनी सांभाळले. त्यांनी देशद्रोह्यांविरुद्ध केलेल्या एकूण कार्यवाहीसाठी त्यांना २००२मध्ये ‘परमविशिष्ट सेवा पदक’ प्रदान करण्यात आले. भारतीय सैन्याचे सैनिकी कार्यवाही विभागाचे अतिरिक्त महासंचालकपद (अॅडिशनल डायरेक्टर जनरल ऑफ मिलिटरी ऑपरेशन्स) त्यांनी १९९४-१९९५ या कालावधीत सांभाळले. त्यानंतर १९९७-१९९८ मध्ये ‘संरक्षण क्षेत्राच्या भविष्यकालीन व्यवस्थापन विभागा’च्या अतिरिक्त महासंचालकपदीही (अॅडिशनल डायरेक्टर जनरल ऑफ पर्स्पेक्टिव्ह प्लॅनिंग) त्यांनी काम केले. परराष्ट्रांसोबत होणार्या शांतता करारांसंदर्भातल्या कार्यवाहीतही शेकटकर यांचा सहभाग होता. पंतप्रधान राजीव गांधी यांच्या कारकिर्दीपासून या संदर्भात भारत-चीनमध्ये शांतता कराराचे प्रयत्न सुरू झाले. त्यासंदर्भातल्या कार्यवाहीतही शेकटकर सहभागी होेते. नरसिंह राव पंतप्रधान असताना झालेल्या भारत-चीन करारासाठी नेमलेल्या संयुक्त समितीत सैनिकी मुख्यालयाचे प्रतिनिधी या नात्याने ते कार्यरत होते. या शांतता कराराची अंमलबजावणी करण्यासंदर्भात नेमलेल्या तज्ज्ञ समितीचे ते सदस्य । श ४९० शिल्पकार चरित्रकोश
