संरक्षण खंड नाडकर्णी, जयंत गणपत निवडीसंदर्भात आणि प्रशिक्षणासंदर्भात त्यांनी अनेक महत्त्वपूर्ण निर्णय घेऊन राबविले. मार्च १९८४ मध्ये त्यांची नियुक्ती नौसेनेच्या पूर्व विभागाचे ‘मुख्य ध्वजाधिकारी’ (फ्लॅग ऑफिसर कमांडिंग इन चीफ) या पदावर विशाखापट्टणम येथे झाली. मार्च १९८६ मध्ये त्यांना नौसेनेचे उपप्रमुख म्हणून व्हाइस अ‍ॅडमिरलपदी बढती देण्यात आली. तेथे नौसेनेच्या नियोजन खात्याचे प्रमुख म्हण्ाून त्यांनी अत्यंत महत्त्वाची जबाबदारी पार पाडली. या काळात अ‍ॅडमिरल तहलियानी नौसेनेचे प्रमुख होते. नोव्हेंबर १९८७ मध्ये त्यांची भारताच्या नौसेनेचे प्रमुख म्हणून ‘अ‍ॅडमिरल’पदी नियुक्ती करण्यात आली. नौसेना प्रमुखपदाच्या त्यांच्या तीन वर्षांच्या कारकिर्दीत दोन वर्षे ते भारतीय सेनादलांचे संयुक्त प्रमुख (‘चीफ ऑफ जॉइंट चिफ्स ऑफ स्टाफ’) होेते. ३ नोव्हेंबर १९८८ रोजी मालदीव बेटांवर बंडखोरांनी तत्कालीन राष्ट्राध्यक्ष गयूम यांचे सरकार उलथून टाकण्याचा सशस्त्र प्रयत्न केला. या बंडात श्रीलंकेतील तामीळ अतिरेकी भाडोत्री सैनिक म्हणून सामील झाले असल्याने आंतरराष्ट्रीय समुदायात चिंतेचे वातावरण पसरले. राष्ट्राध्यक्ष गयूम यांनी कसाबसा स्वत:चा जीव वाचवून भारताकडे मदतीची याचना केली. त्याला भारत सरकारने ताबडतोब प्रतिसाद दिला. बंड झाल्यापासून अवघ्या बारा तासांत भारतीय सेनादलांचे दीड हजाराहून अधिक छत्रीधारी सैनिक (पॅराट्रूपर्स) भारतीय वायुसेनेच्या मदतीने मालदीवमध्ये उतरले आणि पुढील अवघ्या काही तासांत मालदीवमधील बंडाचा बिमोड करून कायदा व सुव्यवस्था प्रस्थापित करण्यात आली. राष्ट्राध्यक्ष गयूम यांचे सरकार पुन्हा प्रस्थापित करण्यात आले. मात्र काही बंडखोर मालदिवच्या एका मंत्र्याला ओलीस म्हण्ाून बरोबर घेऊन जहाजावरून पळून जाण्यात यशस्वी झाले. भारतीय नौसेनेने पुढील अठ्ठेचाळीस तासांत हिंदी महासागरात त्यांचा शोध घेऊन बंडखोरांना ताब्यात घेतले. यांना तुतीकोरीन येथे कोठडीत ठेवण्यात आले. मालदिवच्या मंत्र्यांची सुखरूप सुटका करण्यात आली. त्या सर्व बंडखोरांवर मालदिव येथे नंतर खटला चालला आणि त्या सर्वांना अत्यंत कडक शिक्षा फर्मावण्यात आली. या बंडामागे श्रीलंकेत स्थायिक झालेला असंतुष्ट मालदिवी उद्योजक असल्याचे नंतर निष्पन्न झाले. मालदिवच्या बंडखोरांविरुद्धच्या या ‘ऑपरेशन कॅक्टस’ मोहिमेत भारतीय नौसेनेची आणि नौसेनाप्रमुख जयंत नाडकर्णींची भूमिका अत्यंत महत्त्वाची होती. विशेष म्हणजे या मोहिमेत नौसेनेच्या आय.एन.एस. गोदावरी (एफ २०) आणि आय.एन.एस. बेटवा (एफ ३९) या फ्रिगेट जातीच्या युद्धनौकांनी प्रामुख्याने भाग घेतला होता. अ‍ॅडमिरल नाडकर्णी यांनी संरक्षण मंत्रालयात नौसेनेतर्फे कार्यरत असताना भारतीय संरक्षण उद्योगाच्या उभारणीत प्रमुख जबाबदारी पार पाडली. त्यांनी भारतीय आण्विक पाणबुडी प्रकल्पाच्या मूलभूत सुविधांच्या उभारणीचे कार्य यशस्वी केले. डॉ.राजा रामण्णा यांच्यासोबत त्यांनी या काळात कार्य केले. ते नौसेनेचे उपप्रमुख असताना भारतातील सर्व संरक्षणविषयक प्रशिक्षण संस्थांच्या कार्यांचा अभ्यास करून त्यांनी एक सविस्तर अहवाल केंद्र सरकारला सादर केला. त्यातील सर्व सूचना स्वीकारण्यात शिल्पकार चरित्रकोश
