नाडकर्णी, जयंत गणपत संरक्षण खंड १९६२ मध्ये नाडकर्णी यांची नियुक्ती कोचीन येथे झाली. १९६४ मध्ये त्यांना वेलिंग्टन येथील स्टाफ कॉलेजमध्ये पाठविण्यात आले. मे १९६४ पासून एका वर्षासाठी त्यांची नियुक्ती आय.एन.एस. विक्रांत या विमानवाहू युद्धनौकेवर झाली. त्यानंतर पुण्यातील राष्ट्रीय संरक्षण प्रबोधिनीत (एन.डी.ए.) त्यांची जी-२ स्तरावर समन्वयक म्हणून नेमणूक झाली. तेथून त्यांना कमांडरपदी बढती मिळाली आणि त्यांची नियुक्ती संरक्षण मंत्रालयात झाली. त्यांचे काम संरक्षण क्षेत्रातील उत्पादनांत भारताला स्वयंपूर्ण बनविण्यासाठी विविध योजना आखून नियोजन करणे व क्रियान्वयनात मदत करणेे अशा स्वरूपाचे होते. त्यांच्या कार्यकाळात मुंबईतील माझगाव गोदी व कलकत्त्यातील गार्डन रीच या गोदींच्या आधुनिकीकरणास चालना मिळाली. पोर्तुगिजांच्या पराभवानंतर बंद पडलेली गोवा गोदीही नौदलाने ताब्यात घेतली. या सर्व गोदींच्या पुनर्उभारणीत नाडकर्णी यांचा मोलाचा वाटा होता. त्या वेळी लिएंडर जातीच्या युद्धनौका माझगाव गोदीत बनत होत्या. त्यांचे आधुनिकीकरण करून ‘नीलगिरी’ या जातीच्या नवीन संपूर्ण भारतीय बनावटीच्या युद्धनौका बनवायला माझगाव गोदीने १९६७ साली सुरुवात केली. या प्रकल्पांच्या नियोजनात नाडकर्णी यांचा महत्त्वाचा सहभाग होता. १९६९ मध्ये त्यांची नियुक्ती आय.एन.एस. तलवार या युद्धनौकेच्या कमांडरपदी झाली. जानेवारी १९७० मध्ये त्यांना नौसेनेच्या पश्चिम विभागाचे ‘फ्लीट ऑपरेशन ऑफिसर’ म्हणून जबाबदारी दिली गेली. पश्चिम ताफ्याच्या दैनंदिन व्यवस्थापनाच्या कार्यात फ्लीट कमांडरसोबत फ्लीट ऑपरेशन ऑफिसरचा महत्त्वाचा सहभाग असतो. १९७१ मध्ये त्यांना एक, वर्षासाठी अमेरिकेतील र्‍होड आयलंड येथे ‘नेव्हल वॉर कॉलेज’मध्ये ‘नेव्हल कमांड कोर्स’साठी पाठविण्यात आले. १९७२ मध्ये त्यांना कॅप्टनपदी बढती देऊन वेलिंग्टन येथील स्टाफ कॉलेजमध्ये नौसेनेचे मुख्य प्रशिक्षक म्हणून नियुक्त करण्यात आले. १९७४ मध्ये त्यांची आय.एन.एस. दिल्लीच्या कॅप्टनपदी नियुक्ती झाली. दोन वर्षे त्यांनी आय.एन.एस. दिल्लीची धुरा सांभाळली. या काळात आय.एन.एस. गोदावरी (डी ९२ जातीची) ही जुनी युद्धनौका मालदीवच्या किनार्‍यावर पोवळ्यांच्या बेटावर रुतली होती. ती सोडवून सुखरूपपणे भारतात कोची येथे खेचून आणण्याचे महत्त्वपूर्ण कार्य आय.एन.एस.दिल्लीने पार पाडले. मे १९७६ मध्ये नौसेनेच्या पश्चिम विभागाचे ‘चीफ ऑफ स्टाफ’ म्हणून त्यांची नियुक्ती झाली. परेरा, गांधी आणि बार्बुझा या तीन व्हाइस अ‍ॅडमिरल्सचे सहकारी म्हणून त्यांनी नौसेनेच्या पश्चिम विभागाची धुरा सांभाळली. १ जानेवारी १९७८ रोजी एअर इंडियाचे ‘एम्परर अशोक’ नावाचे जंबो जेट उड्डाण करताना मुंबईच्या वांद्रे येथील समुद्रात कोसळले. तेव्हा तातडीचे मदत व बचावकार्य भारतीय नौसेनेने नाडकर्णींच्या नेतृत्वाखाली हाती घेतले. या दुर्घटनेत एकही प्रवासी वाचू शकला नाही; पण या विमानाचे सर्व महत्त्वाचे भाग आणि ब्लॅक बॉक्स नौसेनेने शोधून तपास पथकांकडे सुपूर्द केले. त्यामुळे ही दुर्घटना नक्की कशी झाली, हे तपास यंत्रणांना शोधून काढता आले. डिसेंबर १९७९ मध्ये त्यांची रिअर अ‍ॅडमिरलपदी नियुक्ती झाली. त्याच काळात त्यांच्यावर १९८१ पर्यंत नवी दिल्लीच्या नॅशनल डिफेन्स कॉलेजमध्ये नौसेनेचे प्रशिक्षक म्हणून जबाबदारी सोपविण्यात आली. मे १९८१ मध्ये त्यांची नियुक्ती नौसेनेच्या पश्चिम विभागात पश्चिमी ताफ्याच्या प्रमुख (फ्लीट कमांडर) पदी झाली. ऑगस्ट १९८२ मध्ये त्यांना व्हाइस अ‍ॅडमिरल पदी बढती मिळाली. त्यांची नियुक्ती नौसेना मुख्यालयात ‘चीफ ऑफ पर्सोनेल’ म्हणून करण्यात आली. नौसेनेची मनुष्यबळ विकासासंदर्भातील धोरणे आखण्याची महत्त्वाची जबाबदारी त्यांच्याकडे सोपविण्यात आली होती. नौसैनिकांच्या ४५२ शिल्पकार चरित्रकोश
