व्ही. पी. राजा प्रशासन खंड त्यांना महाराष्ट्र कॅडर मिळाले आणि त्यांची प्रथम नियुक्ती औरंगाबाद येथे उपजिल्हाधिकारी या पदावर करण्यात आली. राजा यांच्या कार्यपद्धतीचं वैशिष्ट्य म्हणजे त्यांना आपल्या कार्यकाळात ज्या पदावर नियुक्त करण्यात आले त्या विभागात त्यांनी अनेक अभिनव संकल्पना प्रत्यक्षात आणल्या. त्यांनी केलेले हे काम अत्यंत मूलभूत स्वरूपाचे असून त्या त्या विभागाच्या विकासाला दिशा आणि चालना देणारे ठरले आहे. १९८० ते १९८२ सातारा जिल्ह्याचे जिल्हाधिकारी या पदावर कार्यरत असताना त्यांनी अनेक प्रशासकीय सुधारणा घडवून आणण्यामध्ये पुढाकार घेतला. त्यांच्या कामाची राष्ट्रीय पातळीवर दखल घेण्यात येऊन त्यांनी अवलंबलेली ही पद्धत देशभर प्रसिद्ध झाली आहे. १९८२ ते १९८६ या कालावधीत राजा महाराष्ट्राचे वाहतूक आयुक्त होते. या कार्यकालात त्यांनी केलेल्या महत्त्वपूर्ण सुधारणा म्हणजे सर्व वाहनांसाठी पीयूसीचे (पोल्यूशन अंडर कंट्रोल) प्रमाणपत्र असणे बंधनकारक केले. तसेच रस्त्यावरून वाहतूक होणार्‍या धोकादायक (हॅझर्डस् गुडस्) वस्तू/मालासंदर्भात कायदे आणि नियम तयार केले. लोकप्रशासनातील विशेष योगदानाबद्दल राजा यांना १९८७ साली ‘चिन्मुलगुंद डिस्टींगविश गव्हर्नमेंट अ‍ॅडमिनिस्ट्रेशन’ पुरस्कार देऊन त्यांचा गौरव करण्यात आला. हा प्रशासकीय अधिकार्‍यांना मिळणारा सर्वोच्च पुरस्कार समजला जातो. १९८७ साली वित्त विभागाचे (महाराष्ट्र) सह सचिव म्हणून कार्यरत असताना त्यांनी महाराष्ट्राला दिलेले महत्त्वाचे योगदान म्हणजे शून्याधारित अर्थसंकल्प (झीरो बजेट) ही संकल्पना त्यांनी प्रत्यक्षात आणली. १९८८ ते ९० या कालावधीत ग्रामीण विकास विभागाचे सह सचिव असताना राजा यांनी जवाहर रोजगार योजना कार्यक्षमपणे राबवली. १९९० चे दशक म्हणजे माहिती तंत्रज्ञान आणि संगणक यांच्या प्रसाराचे दशक मानले जाते. जुलै १९९० ते डिसेंबर १९९० या काळात राजा यांनी महाराष्ट्रभर सर्व विभागांच्या मुख्यालयात मनुष्यबळ विकास प्रशिक्षण दिले. तसेच त्यांनी मुंबईतील झोपडपट्टीवासियांना घरे उपलब्ध करून देण्याच्या योजनेमध्ये महत्त्वपूर्ण सहभाग नोंदवला. राजा यांनी आपल्या सर्वच योजनांमध्ये प्रशासकीय कामात पारदर्शकता आणण्याचा प्रयत्न केला. त्याचे उत्तम उदाहरण म्हणजे मार्च १९९९ ते जून १९९९ या फक्त ३ महिन्यांच्या कालावधीत महाराष्ट्र उच्च आणि तांत्रिक शिक्षण विभागाचे सचिव म्हणून कार्यरत असताना त्यांनी महाराष्ट्रातील सर्व अभियांत्रिकी महाविद्यालयाच्या प्रवेश शुल्काच्या रचनेमध्येे पारदर्शकता आणण्याचा प्रयत्न केला. ग्रामीण भागातील स्वच्छतेसाठी महाराष्ट्र सरकारने आखलेली ‘संत गाडगेबाबा ग्राम स्वच्छता अभियान’ ही योजना राजा हे पाणीपुरवठा आणि मलनिस्सारण या विभागाचे सचिव असताना साकार झाली. २००२ ते २००८ या कालावधीत राजा केंद्र सरकारच्या अणू ऊर्जा विभागाचे सहसचिव आणि मुख्य सल्लागार म्हणून कार्यरत होते. याचवेळी ते युरेनियम पुरवठा वृद्धी समितीचे सदस्य सचिव होते. या पदावर असताना त्यांनी अणू ऊर्जा आयोगाला दिलेले पथदर्शी योगदान म्हणजे या समितीचा समन्वय ३४२ शिल्पकार चरित्रकोश
