अकबर हा १५५६ मध्ये मोगल साम्राज्याचा अधिपती झाला. अकबराने पन्नास वर्षे राज्य केले. इतिहासकार सरदेसाई यांनी अकबराचे वर्णन 'थोर राज्यकर्ता' असे करताना त्याने केलेल्या सुधारणांचा, रजपूत राजांना जिंकल्यावर त्याने अवलंबिलेल्या सहिष्णू धोरणाचा आणि त्याच्या गुणग्राहक वृत्तीचा गौरव केला आहे.
उत्तर हिंदुस्थानात मोगल साम्राज्य असताना दक्षिणेकडे एके काळच्या सरदारांनी आपापली राज्ये स्थापन केली. यांपैकी बहामनी राज्य इ.स. १३४६ ते इ.स. १५२६ पर्यंत अस्तित्वात होते. या राज्याचा विस्तार उत्तरेस नर्मदा नदी, पश्चिमेस सह्याद्री, दक्षिणेस तुंगभद्रा आणि पूर्वेस तेलंगण इतका होता. नंतर या राज्यातील सरदारांनी आपापली राज्ये स्थापन केली आणि अहमदनगरची निजामशाही, विजापूरची आदिलशाही, गोवळकोंड्याची कुतुबशाही आणि बिदरची बरीदशाही अशा राजवटी अस्तित्वात आल्या. त्यावेळी विजयनगर येथे १३३६ मध्ये हरिहराने आपले राज्य स्थापन केले आणि नंतर विजयनगरच्या हिंदू साम्राज्याचा खूप मोठा विस्तार झाला. १६७४ मध्ये बहामनी राज्यातून निर्माण झालेल्या सर्व मुसलमान राजवटी एकत्र येऊन त्यांनी विजयनगरचे हिंदू साम्राज्य उद्ध्वस्त केले.
अकबराने दक्षिणेकडील या मुसलमान राजवटी जिंकण्यासाठी स्वाऱ्या केल्या. १५९६ मध्ये त्याने अहमदनगरच्या राज्यावर स्वारी केली. चांदबिबीने प्रतिकार केला. परंतु १६०० मध्ये मोगलांनी तिचा पराभव केला. अकबरानंतर त्याचा मुलगा जहांगीर हा राजा झाला. त्यानेही या मुसलमान सरदारांचा बंदोबस्त करण्यासाठी दक्षिणेवर स्वाऱ्या केल्या. जहांगीरने उत्तरेस काश्मीरपर्यंत त्याच्या राज्याच्या सीमा भिडवल्या. जहांगीरमुळेच काश्मीर मोगल अंमलाखाली आला. जहांगीरनंतर शहाजहान आणि त्याच्या नंतर औरंगजेब हा मोगल बादशहा बनला. तीन भाऊ आणि बाप यांची वाट लावून औरंगजेब ४० व्या वर्षी दिल्लीच्या गादीवर बसला. औरंगजेब हा कडवा मुसलमान होता आणि त्याने आपल्या ५० वर्षांच्या कारकिर्दीत इस्लामचा सबंध हिंदुस्थानात प्रसार व्हावा आणि पगडा बसावा यासाठी अविश्रांत धडपड केली. १६७९ मध्ये त्याने मुसलमानांखेरीज इतर सर्वांवर जिझिया कर लादला. औरंगजेबाने त्याच्या कारकीर्दीच्या उत्तरार्धात १६८१ मध्ये दक्षिणेवर जंगी स्वारी केली. विजापूरची आदिलशाही आणि गोवळकोंड्याची कुतुबशाही नेस्तनाबूत केल्यावर औरंगजेबाने मराठ्यांची राजवट उद्ध्वस्त करावयाचे ठरवले. संभाजीला त्याने क्रूरपणे ठार मारले. औरंगजेबास अशी खात्री वाटत होती की त्याचे प्रचंड सैन्य मराठ्यांचा पराभव करील आणि त्यांना जिंकल्यावर इस्लामचा प्रसार झपाट्याने होऊ शकेल. परंतु मराठे सरदारांनी चिवटपणे गनिमी काव्याने औरंगजेबाशी लढा दिला आणि जुन्नरपासून जिंजीपर्यंतच्या विशाल मुलूखात औरंगजेबाच्या शाही सैन्याला जेरीस आणले. औरंगजेब अत्यंत निराश झाला. इस्लामचा हिंदस्थानभर प्रसार करण्याचे त्याचे स्वप्न भग्न झाले. मोगल साम्राज्य मोडकळीस आले. १७०७ मध्ये औरंगजेबाचे निधन झाले.)
औरंगजेबाचा अस्त होईपर्यंत (इ.स. १७०७) भारतात अव्याहत मुसलमानांची सत्ता अस्तित्वात होती. हा काळ ५३२ वर्षांचा आहे. मुसलमानांच्या सत्तेच्या प्रभावाचा एकूण काळ ८०० वर्षांचा आहे. एवढ्या प्रदीर्घ काळात अखंड भारतातील मुसलमान लोकसंख्येचे
