प्रकारचा अहवाल देऊन अंतिम निर्णयासाठी महाराजांकडे पाठविला. यावेळी महाराज बडोद्यात नसल्याने कलेक्टर खासेराव जाधवांनी या प्रकरणाची माहिती महाराजांना पत्राद्वारे कळवून तात्काळ परत येण्यास सांगितले. पत्र मिळताच सयाजीराव बडोद्यास परतले. महाराजांनी बापट प्रकरणासंदर्भात खासेराव जाधव आणि अरविंद घोष यांच्याकडून माहिती मिळविली.
महाराजांनी या केसबद्दल हायकोर्टाचे न्यायमूर्ती अंबालाल साराभाई देसाई, रा. विनायकराव पंडित, मुलकी खात्याचे प्रमुख रा. जयसिंगराव आंग्रे या तज्ज्ञांना अहवाल देण्याच्या सूचना केल्या. यांनी दिलेल्या अहवालानुसार दोन विरुद्ध एक अशी परिस्थिती निर्माण झाल्याने पुन्हा हे प्रकरण हायकोर्टाचे न्यायमूर्ती जमशेटजी खंडाळावाला यांच्याकडे दिले. खंडाळावाला यांनी बापटांनी लाच घेतली नसल्याचे आपल्या अहवालातून सांगितले. सयाजीरावांनी ९ ऑक्टोबर १८९५ रोजी अंतिम निर्णय दिला, “रा. वासुदेव सदाशिव बापट यांना त्यांजवरील सर्व आरोपांसंबंधाने निर्दोषी ठरविण्यात येत आहे. तथापि या प्रकरणासंबंधाच्या सर्व हकीकतीचा विचार करिता, रा. बापट यांना या इतउप्पर या राज्याचे नोकरीत ठेवणे इष्ट नाही. म्हणून त्यांना नोकरीतून मुक्त करण्यात येत आहे." बापट निर्दोष आहेत हे सिद्ध झाले असले तरी त्यांना नोकरीतून काढून टाकावे
