दिवाणाला हाताशी धरून बडोद्याच्या राज्यकारभारात हस्तक्षेप केला. आपल्याबद्दल दिवाणांची नाराजी वाढत असल्याने इलियट रजा घेऊन युरोपला गेले.
इलियट यांच्या जागी सेटलमेंट कमिशनर म्हणून मेकॉनकी नावाच्या अधिकाऱ्यांची नियुक्ती करण्यात आली. या मेकॉनकींवर बापटांविरुद्धची चौकशी करण्याची जबाबदारी देऊन त्यांना स्पेशल मॅजिस्ट्रेटचे अधिकार देण्यात आले. बापट कमिशनचे काम सुरू झाले. सरकारतर्फे असणाऱ्या फिरोजशहा मेहता या नामांकित वकिलांना कागदपत्रे बघितल्यानंतर बापटांविरुद्ध दिवाण आणि रेसिडेंट यांनी कट केल्याचे लक्षात आले. मेहतांनी हा खटला चालवण्यास नकार दिला. त्यामुळे सरकारने दुसरे वकील नेमले.
बापटांची बाजू मांडण्यासाठी पुण्याहून बाळ गंगाधर टिळक बडोद्यात आले. त्यांनी कमिशनचे साक्षी - पुरावे तपासले. बापटांविरुद्ध कोणताही ठोस पुरावा समोर आला नाही; परंतु रेसिडेंट आणि दिवाणांच्या दबावामुळे कमिशनने १६ मे १८९६ ला यासंबंधी निर्णय दिला. या निर्णयात कमिशन म्हणाले बापटांनी लाच घेतल्याचा सबळ पुरावा सापडला नाही; परंतु बडोदा संस्थानात नोकरी करत असताना जो ठरलेला पगार आहे त्याव्यतिरिक्त इतर बेकायदेशीर रक्कम घेतल्याचा त्यांच्यावरील गुन्हा सिद्ध झाला असल्याने त्यांना सहा महिन्याची कैद आणि बाबाशाही दहा हजार रुपये दंड अशी शिक्षा केली जावी. अशा
