महाराजांनी त्यांना लगेच परिषदेची योजना व निमंत्रणास योग्य अशा संगीत कलाकार व शास्त्री पंडित यांची यादी तयार करण्यास सांगितले. त्यानुसार भातखंडेंनी परिषदेची योजना, निमंत्रण पाठवण्याच्या पाहुण्यांची यादी व तपशीलवार कार्यक्रम वगैरे तयार केले. २० फेब्रुवारी १९९६ ला बडोद्या पहिली अखिल भारतीय संगीत परिषद तेथील कॉलेजच्या मध्य सभागृहात भरविली गेली. अखिल भारतीय संगीत परिषदेची कार्यकारी समितीसुद्धा या वेळी स्थापन करण्यात आली व पंडित भातखंडेंना सरचिटणीस म्हणून नेमले गेले. या परिषदेत भातखंडे यांनी आपला " A short historical survey of the music of Upper India" या विषयाचा इंग्रजी लेख वाचला. अर्वाचीन संगीताच्या इतिहासात पहिली अखिल भारतीय संगीत परिषद ही एक महत्त्वाची घटना होती.
त्यानंतर बडोद्याच्या गायनशाळेची पुर्नरचना भातखंडेंच्या नेतृत्वाने झाली. अखेरीस ही शाळा तेथील एम. एस. विश्वविद्यालयातील ललितकला शाखेचा एक भाग म्हणून विलीन झाली. बडोद्याचे दरबार गायक उस्ताद फैयाज हुसेन खाँ यांनी भातखंडे यांच्या सूचनेनुसार शाळेशी चांगला संबंध ठेवला होता. व ते तिचे वरचेवर भेट देणारे (guest lecturer) प्राध्यापकही राहिले होते.
१९३३ पर्यंत भातखंडे वर्षातून दोनतीन वेळा बडोद्यास भेट देत असत व तेथील संगीत शाळेचे वर्ग पाहत असत. या शाळेचा कारभार व प्रगती याबाबत ते आपला अहवाल नियमितपणे
