पंथाचें वर्चस्व नष्ट झाले. सुलतान बुन्हाण निजामशहा यानें गादीवर आल्यावर,जमाल- खानाच्या कारकीर्दीतील मागील सर्व व्यवस्थेत पूर्णपणे फेरबदल केला; महूदी पंथाविषयीं जमालखानाने प्रसिद्ध केलेले सर्व हुकुम त्यानें रद्द करून टाकिले; महूदी पंथातील मता- विषयीं जे दुरापह दाखवितील त्यांना तात्काळ देहातशिक्षा देण्यांत येईल, असा हुकूम फर्माविला; महूदी पंथ नामशेष करण्याचे निरनिराळे मार्ग स्वीकारिले; त्या पंथातील सर्व लोकांना अधिकार भ्रष्ट करून त्यांचं महत्व नाहींसें केले; पण इतकेही करून त्याचा राग शांत झाला नाहीं; अथवा महूदी लोकांचा पिच्छा त्यानें सोडिला नाहीं; तर त्या लोकांचा अतिशय छळ करण्यास त्याने सुरवात केली; प्रत्यक्ष शहाच महूदी पंथाच्या विरुद्ध होऊन त्या पंथातील लोकांचा छळ करूं लागल्याबरोबर इतरांनीही त्या पंथांतील लोकांना त्रास देण्यास सुरवात केली; आणि अखेरीस या छळवादास कंटाळुन त्या पंथांतील सर्व लोक निजामशाही राज्य मोडून दुसरीकडे निघून गेले. निजामशाहीत पहिल्याने सुनीधाच अतिशय प्राबल्य होते; पण आतां निजामशाही गादीवर आलेला सुलतान बुन्हाणशहा हा शियापंथी असल्यानें, याच्या कारकीर्शत सुनी पंथ मार्गे पडून शियाधर्माचे महत्व वाढले; आणि त्याने या पंथाची आपल्या राज्यभर वृद्धि करण्याचा प्रयत्न केला.
त्याप्रमाणेच पुढील काळांत झणजे इब्राहीम निजामशहा याच्या कारकदिति-हा बु-हाणशहाचा मुलगा असून तो दुर्व्यसनी होता; व त्याने फक्त चारच महिने राज्य केल्यावर तो मारला गेला; - प्रारंभीच, मिआन मंजू हा त्याचा मुख्य वजीर झाल्यानंतर, दक्षिणांविरुद्ध हबशी आणि मौली-झगजे परदेशी लोकांची हिंदुस्थानांत जन्मास आलेली संतति-यांच्या मध्ये मोठ्या जोगचे दोन पक्ष निर्माण झाले; त्यामुळे पुन्हा राज्यभर भांडणे व निरनिराळ्या भानगडी उपस्थित झाल्या; दरबारांतील दुकळी मोठ्या निकरावर येऊन विजापूरकराशी युद्ध सुरू झालें; त्यांन शहा मारला गेला; आणि त्यानंतरही हे तंटे असेच चालू राहून मिआनमंजू यानें अकचराचा मुलगा मुगद यास निजामशाहीत बोलाविलें; त्याप्रमाणेच पुढील काळांत निजामशाहीचा प्रसिद्ध प्रवर्तक मलिकंबर हा सुनीपंथाचा असल्यामुळे, गोवळकोंडे व विजापूर येथील शिया पंथी सुलतानांनी त्यास मोंगलांविरुद्ध मदत केली नाहीं; त्यामुळेच त्याचा पूर्ण- पण पराजय होऊन शहाजहान शहा जादा खुम-विजयी झाला; परंतु या व अशाच प्रकारच्या इतर भानगडी यांचा याठिकाणीं स्थलाभावामुळे त्रोटकच उल्लेख केलेला आहे; तथापि वरील एकंदर विवेचनावरून दक्षिणेतील मुसलमानी राज्यांत त्यांच्याच निरनिराळ्या पंथांतील मतभेद किती प्रखर होते; व त्यामुळे निरनिराळ्या वेळीं कसकशी चमत्कारिक व भिन्न भिन्न राजकीय स्थित्यंतरे वेगवेगळ्या ठिकाणी घडून आली, आपतांतच परस्पर राज्यांत, आणि एकाच राज्यांनील परस्पर दोन पक्षांत कसकसे चुरशीचे व निकराचे सामने घडून आले, आणि त्याचे परिणामही बहुतेकवेळा किती भयंकर व क्रांतिकारक झाले, आपआपसाती