सयाजीरावांनी धर्मशास्त्राचे बारकाईने वाचन केले. प्रत्येक व्यक्तीला आपापल्या धर्मानुसार वागण्याचं स्वातंत्र्य दिलं पाहिजे, असे ते मानू लागले. यासाठी देवघर शाखेचे रूपांतर धर्मखात्यात केले. हिंदू धर्मासोबत जैन, बौद्ध, मुस्लिम, ख्रिश्चन धर्मातील पुस्तके मराठी-गुजरातीत भाषांतरित केली. इतर धर्माचा तौलनिक अभ्यास करण्यासाठी विशेष निधी उपलब्ध करून दिला. एवढेच नाही तर ख्रिश्चन, इस्लाम, बौद्ध, जैन, झोरास्ट्रियन आणि हिंदू धर्मातील तत्त्वे शिकविणारा वर्ग सुरू केला.
सयाजीराव म्हणत, सर्व धर्मीयांबद्दल आदर बाळगावा; मात्र कोणत्याही धर्माने रूढी-परंपरांचं पांघरूण घेऊन थोतांड अन् माणसाची फसवाफसवी करू नये. प्रत्येक माणसास धर्मस्वातंत्र्य हवे; पण त्यासाठी कोणाही मध्यस्थाची, दलालाची आवश्यकता नाही. महाराजांनी अभ्यासू माणसांच्या मदतीने वेद आणि धर्मग्रंथाचे सार समजून घेतले. वेदोक्ताचा अधिकार फक्त ब्राह्मणास आहे, इतरांना नाही, असा कोठेही धर्मग्रंथात आधार नाही.
प्रत्येक माणूस ईश्वराचा लेकरू आहे. ईश्वराची प्रार्थना, पूजा करण्याचा प्रत्येकास अधिकार आहे. कोणत्याही एका जातीची ती मत्तेदारी नाही; तसेच क्षत्रियांनी वेदोक्ताऐवजी पुराणोक्त पद्धती वापरावी, यालाही शास्त्राधार नाही, हे सयाजीरावांनी ओळखले. यावर उपाय म्हणून १८९६ ला ब्राह्मणेतरांसाठी मराठीतून वेदोक्त शाळा सुरू केली. राजवाड्यात वेदोक्त पद्धतीने पूजा विधी
