नियतकालिके 'मनोरंजन' कालखंडाप्रमाणेच कथेस महत्त्व देत होती. त्या नियतकालिकांत वेळोवेळी खांडेकरांच्या कथा प्रकाशित होत.त्यामुळे खांडेकर नियमित कथा लिहू लागले. त्यांच्याबरोबरीने प्रा. ना. सी. फडकेही लिहीत. सन १९४१ पर्यंत त्यांच्या कथांचा ओघ वाहता होता. या कालखंडात ‘दत्तक व इतर कथा',‘जीवनकला',ऊन-पाऊस', ‘दवबिंदू', ‘विद्युत्प्रकाश', 'नवचंद्रिका', ‘अबोली',‘पूजन’,‘फुले आणि दगड',‘नवा प्रातःकाल’, ‘समाधीवरली फुले', 'पाकळ्या', ‘पहिली लाट', ‘सूर्यकमळे', 'घरट्याबाहेर' असे तब्बल १५ कथासंग्रह प्रकाशित झाले. या संग्रहांत प्रकाशित ‘आंधळ्याची भाऊबीज',‘भावाचा भाव’, ‘शिष्याची शिकवण' इत्यादी कथा गुर्जरांच्या परंपरा व प्रभावाच्या म्हणून सांगता येतील. यातील कथा विकासोन्मुख असल्या तरी त्यात पाल्हाळ, अद्भुतता, अतिशयोक्ती, इत्यादी दोष होते. भाषा कोटीबाज, आलंकारिक होती.
सन १९४१ ते १९४६ अशी चार-पाच वर्षे त्यांनी कथालेखन केले नाही. त्यामुळे 'खांडेकरांनी लघुकथा लेखनातून संन्यास घेतला', 'खांडेकर म्हातारे झाले', 'कथेचे खांडेकर युग संपले' असे तर्कवितर्क होत राहिले. सन १९४६ साली ‘तीन जगे' कथा लिहून या तर्क-वितर्काना खांडेकरांनी विराम दिला. पुढे १९४८ मध्ये त्यांचा ‘सांजवात' कथासंग्रह प्रकाशित झाला. त्याला लिहिलेल्या दोन शब्द’ प्रस्तावनेत या मौन कालखंडाचे स्पष्टीकरण आहे. नव्या भारतीय समाजाचा पाया म्हणून जी सामाजिक मूल्ये गृहीत धरून मी १९३० ते १९४० या दशकात लेखन केले, ती माझ्या डोळ्यांदेखत धाडधाड ढासळत होती... लेखक या नात्याने आपल्या पाया खालची वाळू पदोपदी वाहून जात आहे, तिथे एक खोल खड्डा निर्माण होत आहे, या जाणिवेने माझे दुबळे मन बेचैन होऊन गेले... माझे पूर्वीचे सारे आवडते विषय मला एकदम जुने वाटू लागले... मानवतेच्या मूलभूत नात्यावरच घाव घालणाऱ्या नव्या बिकट प्रश्नांची ललित लेखक या नात्याने आपली कुवत ओळखून आपण कशी झुंज घ्यावी, याचा विचार करण्यातच माझे दिवस जाऊ लागले." ‘सांजवात'पाठोपाठ ‘हस्ताचा पाऊस', 'प्रीतीचा शोध' आले.
पण असे नव्हते की, वरील कालखंडात खांडेकर लिहीतच नव्हते. उलटपक्षी याच काळात वि. स. खांडेकरांनी ‘कलिका’ आणि ‘मृगजळातील कळ्यांद्वारे रूपककथेसारख्या सर्वस्वी नव्या कथाप्रकाराची मौलिक भर मराठी कथेच्या विकास व इतिहासात घातली. प्रतीक, सूचकता, अल्पाक्षरिता,आलंकारिकता, चमत्कृती, निसर्ग पात्रे (प्राणी, पक्षी,चंद्र,
