त्यांच्याविरुद्ध कोणतीही कारवाई करणार नसल्याचे स्पष्टपणे सांगितले. देशपांडे प्रकरणासंदर्भात महाराजांनी तेरा सदस्यांची चौकशी समिती नेमून समितीपुढे आपली बाजू मांडण्याचा केशवरावांना आदेश दिला. केशवरावांच्या बाजूने बहुमत आल्याने या समितीने देशपांडे यांना निर्दोष ठरविले. चौकशी समितीच्या निर्णयानुसार सयाजीरावांनी केशवराव देशपांडे यांना निर्दोष जाहीर केले. सयाजीरावांची ही कृती आपल्या क्रांतिकारक अधिकाऱ्यांना दिलेल्या भक्कम पाठिंब्याचा पुरावाच आहे.
महाराजांच्या या निर्णयामुळे ब्रिटिश सरकारचा रोष आणखी वाढला. आपल्यामुळे ब्रिटिश सत्ता महाराजांवर नाराज असून यामुळे त्यांच्यावर संकटे वाढू नयेत म्हणून केशवराव देशपांडे यांनी स्वतःच नोकरीचा राजीनामा दिला. केशवरावांच्या राजीनाम्याने सयाजीरावांना फार दुःख झाले. महाराजांनी त्यावेळी आदेश दिला की, "केशवरावांनी एकनिष्ठ राहून राज्याची प्रामाणिक सेवा केली आहे. त्या कामाबाबत त्यांना आजच दोन तासांत दहा हजार रुपये देऊन सेवामुक्त करावे.” सयाजीरावांचे दुसरे अधिकारी खासेराव जाधव यांना नोकरीतून काढून टाकण्याची ब्रिटिश सरकारची मागणी मात्र महाराजांनी मान्य केली नाही. सयाजीरावांनी खासेरावांची दुसऱ्या खात्यात बदली करून दोन वर्षे वार्षिक पगारवाढ रोखण्याचा नाटकी आदेश काढला; परंतु काही दिवसांतच हा निर्णयही महाराजांनी बदलला.
