झाली, तरीही सयाजीराव माणसांच्या जीवनातील धर्माचे तौलनिक अभ्यास ते करू शकले. हिंदू, मुस्लिम, ख्रिश्चन, बौद्ध, आर्यसमाज या सर्व धर्मांचा त्यांनी डोळसपणे अभ्यास केला, हे सृष्टीची सेवा-ईश्वराची मैत्री या वेळोवेळी केलेल्या भाषणातून लक्षात येईलच.
१ ऑक्टोबर, १९०१ ला बाळ गंगाधर टिळक यांनी 'श्री गायकवाड सरकार यांचा वेदांत' या शीर्षकाचा केसरीत अग्रलेख लिहिला. तो सयाजीरावांनी वाचला. टिळक करत असलेल्या राष्ट्रकार्याबद्दल सयाजीरावांना प्रेम होते. क्रांतिकारक आणि राष्ट्रप्रेमी मंडळींना सयाजीरावानी मदत आणि पाठिंबा आहे, याचा टिळकांना महाराजांबद्दल आदर वाटत होता; पण सयाजीरावांनी हंसस्वरूप स्वामींच्या मतांचे केलेले खंडन टिळकांना रुचले नव्हते.
जोतीबा फुल्यांचे सहकारी आणि बडोद्याचे दिवाण रामचंद्र धामणसकरांना टिळकांची भूमिका आणि टीका आवडली नाही. टिळकांच्या अग्रलेखावर उत्तर पाठवावे, असे धामणसकर म्हणाले. यावर महाराज म्हणाले, "वेदांत विषयावर आम्हाला बोलायचा अधिकार नाही, असे टिळक म्हणतात, ते मान्य करून या विषयाचा मी आणखी अभ्यास वाढविणार आहे. देव-देवतांबद्दल, गरिबांना लुबाडणाऱ्या ढोंगी साधू- अन् लफंग्याबद्दलचे मत मात्र कायम आहे. यावर आपण उत्तर नाही पाठवायचं. टिळकांनी अग्रलेखाच्या सुरुवातीस आम्हाला
