पाडविलें व त्याच्या नांवानें - खानदेशभर - खुत्बा वाचविण्यास सुरुवात केली. उलट अकबरानेही त्यास खानदेशप्रति बक्षीस दिला व आपल्या दरबारांतील पांच हजारी मनसबदारमध्यें त्याचें नांव दाखल केलें. त्यानंतर इ० सन १५९४ मध्ये मोंगली सैन्याने शहाजादा मुराद याच्या सेनापतिश्वाखाली निजामशाही जिंकण्याकरितां दक्षिणेवर स्वारी केली; त्यावेळी राजा अली यानें, मांगली सैन्यातर्फे, मुरादच्या हाताखाली युद्ध करण्यांत महत्वाचा भाग घेतला होता; आणि अखेरीस - हल्लीं नगर जिल्ह्यांत मोडत असलेल्या- सुपेंसोनपत या गांवीं उभयतांच्या सैन्यामध्ये एक भयंकर जोरार्चे युद्ध होऊन, त्यति मोंगली सेना विजयी झाली; परंतु राजा अली हा शत्रुसैन्यावर मोठ्या शौर्यानं हल्ला चढवीत होता, इतक्यांतच अकल्पितरीत्या दारूने भरलेल्या एका गाण्यावर ठिणगी पडून दारूचा भयंकर स्फोट झाला व त्यामुळे तो तात्काळ जागच्याजागीच ठार झाला ! ( ता० १६ जानेवारी इ. सन १५९७ ) राजा अलीखान याच्या मृत्यूनंतर त्याचा मुलगा मिरान बहादूरखान हा गादीवर आला.
मिरान बहादूरखान यानें अल्पकाळ, झणजे फक्त दोनच वर्षे काय तें राज्य केलें. त्यानें गादीवर आल्यावर बन्हाणपूरच्या पूर्वेत अजमासे सात मैलांवर बहादरपूर या नांवाचें एक गांव वसविले यावेळी शहाजादा दानियल याला मोगल बादशहा अकबर यानें दक्षिगेच्या कारभारावर व कामगिरीवर नेमिलें होतें; राजा अली याच्या काळापासूनच खानदेशचे राज्य मोगल बादशहाचे मांडलिक झालेलें होते; तथापि मिरान बहादूरखान यानें ही गोष्ट लक्षांत घेतली नाहीं, दानियलची मर्जी संपादन केली नाहीं; इतकेच नाहीं तर उलट त्यानें आपली वागणूक संशयास्पद ठेविली व तो अशिरगड येथे राहूं लागून त्याठिकाणी दारूगोळा वगैरे युद्धोपयोगी सामुग्री जमवूं लागला; त्यामुळे अकबराची त्याच्यावर गैरमर्जी झाली; आणि त्यानें स्वतः चन्हाणपूर येथे येऊन, खानदेशप्रांत उजाड करून टाकविला व अशीरगडला वेढा देऊन, अखेरीस तो किल्लाही त्याने आपल्या हस्तगत करून घेतला. यावेळी मिरान बहादूरखान किल्ल्यांत होता, तो किल्ला हस्तगत झाल्यावर अकबराच्या हात सापडला; त्यास अकबरानें कैद करून माल्हेरच्या किल्ल्यांत प्रतिबंधांत ठेविले;व त्याच ठिकाणी तो पुढे मृत्यू पावला; आणि खानदेशचें अल्पायुषी राज्य नष्ट होऊन, अकबरानें तें मोंगली साम्राज्यति — इ० सन १५९९ मध्ये सामील केल्यामुळे त्या राज्याचा स्वतंत्र इतिहास समाप्त झाला.