जुनागड आणि काश्मीर येथे भारताला लढत ठेवून त्याचे लक्ष या दोन परस्परविरोधी दिशांकडे वेधले असता मध्ये पंजाबची सीमा शस्त्रबळाने वाढवावयाची असेही डावपेच ते लढवीत होते. (नेहरूंनाही ही शंका तेव्हा आली होती. पहा - 'Mission with Mountsbatten' आणि Wilcox आपल्या 'Pakistan : The Consolidation of a Nation' या पुस्तकात हाच तर्क मांडतात. पहा-पृ.३३,३४,४७,४८) कारण पाकिस्तानात तेव्हा पाकिस्तानचा जो एक नकाशा प्रसिद्ध झाला आहे त्यात पश्चिम पाकिस्तानची सीमा दिल्लीपर्यंत भिडलेली दाखविली गेली आहे. (Wilcox यांच्या पुस्तकात हा नकाशा प्रसिद्ध केलेला आहे. पृ. ३४, ५५) दिल्लीच्या सभोवताली पतौडी, बहादूरगड, कुंजपुरा, नजफगड अशी छोटी - मोठी मुस्लिम संस्थानिक असलेली संस्थाने होती आणि ही पाकिस्तानात सामील करून घेतली असती तर पाकिस्तानच्या सीमा दिल्लीला भिडणे सहज शक्य होते.
येथे काँग्रेस आणि मुस्लिम लीग या दोन संघटनांच्या भारतीय संस्थानांविषयीच्या धोरणांचा विचार केला पाहिजे. काँग्रेसने संस्थानातील जनता नेहमी आपली मानली आणि जनतेच्या न्याय्य हक्कांना पाठिंबा दिला. मुस्लिम लीगने शक्यतो संस्थानातील जनतेच्या न्याय्य हक्कासंबंधी बोलायचे टाळले. याची कारणे स्पष्ट होती. जनतेच्या हक्कांवर बोलायचे तर हैदराबाद, जुनागड, भोपाळ इत्यादी मुस्लिम संस्थानांच्या विरुद्ध भूमिका घ्यावी लागली असती. लीगच्या भूमिकेशी ते जळणारे नव्हते. फाळणी करताना ब्रिटिशांनी संस्थानिकांना सार्वभौम हक्क दिल्याची घोषणा केली व स्वतंत्र रहावयाचे की भारत किंवा पाकिस्तान या राज्यात सामील व्हावयाचे हे ठरविण्याची त्यांना मुभा दिली. ब्रिटिशांनी हा जो सार्वभौमत्वाचा अधिकार संस्थानिकांना दिला तो त्यांचा नसून प्रजेचा आहे, कारण जनता सार्वभौम असते, अशी भूमिका काँग्रेसने घेतली. जीनांनी मात्र संस्थानिक सार्वभौम आहेत, त्यांनी स्वतंत्र रहायचे की भारत किंवा पाकिस्तानात सामील व्हावयाचे हे ठरवायचे आहे असे लीगच्या वतीने १७ जून १९४७ रोजी सांगितले. (पहा - Kashmir : A Study in India - Pakistan Relations, ले. शिशिर गुप्ता, पृ. ४८ एशिया पब्लिकेशन्स.) त्रावणकोरने आपले स्वातंत्र्य जाहीर केले आणि पाकिस्तानबरोबर राजनैतिक संबंध प्रस्थापित करण्याची घोषणा केली. जीनांनी या घटनेचे स्वागत केले. वस्तुत: मनापासून जीनांनी फाळणी स्वीकारली असती तर काही संस्थानिकांबरोबर कारस्थाने करून भारताचे विघटन करण्याची पावले त्यांनी टाकली नसती. परंतु भारताच्या केंद्रीय राजवटीखाली कमीत कमी प्रदेश यावा, पाकिस्तानचा जास्तीत जास्त व्हावा आणि हैदराबाद - भोपाळसारखी मोठी मुस्लिम संस्थाने स्वतंत्र राहावीत असे त्यांनी पवित्रे टाकले. याकरिता संस्थानिक सार्वभौम आहेत ही भूमिका घेणे त्यांना क्रमप्राप्तच होते. ही भूमिका त्यांना अनेक प्रकारे सोयीची होती. पाकिस्तानी प्रदेशात असलेल्या प्रजा आणि संस्थानिक दोन्ही मुसलमान होती. त्यामुळे ती संस्थाने पाकिस्तानात सामील होणारच अशी त्यांना खात्री होती. प्रश्न फक्त काश्मीरचा होता. हे संस्थान पाकिस्तानला लागून होते. तेथील बहुसंख्यांक प्रजा मुसलमान व संस्थानिक हिंदू होता. संस्थानिक सार्वभौम आहेत ही भूमिका काश्मीरच्या बाबतीत पाकिस्तानला अडचणीत टाकणारी होती हे जीनांना कळत होते. तथापि भारतीय प्रदेशातील मुस्लिम
