१९१५ साली रासबिहारी बोस यांच्या नेतृत्वाखाली देशभरात अनेक ठिकाणी क्रांतिकारी उठावाची योजना आखण्यात आली होती. परंतु या योजनेची माहिती अगोदरच ब्रिटिश सरकारला मिळाली. त्यामुळे सरकारने शोध सुरू करण्यापूर्वी माणिकरावांनी या घटनेची सयाजीरावांना कल्पना देऊन बडोद्यातील मंडळींना सुरक्षित ठिकाणी पोहोचविले. ज्यावेळी क्रांतिकारकांचे नातेवाईक आपल्या घरात त्यांना आश्रय देत नसत त्यावेळी माणिकरावांनी धोका पत्करून खुदीराम बोस, पृथ्वीसिंह आजाद, भगतसिंह, सुखदेव, राजगुरू आणि सुरेंद्र पांडे यासारख्या क्रांतिकारकांना आपल्या आखाड्यात आश्रय दिला. पृथ्वीसिंह आजाद हे 'स्वामीराव' या नावाने व्यायामशाळेत राहत होते. भगतसिंग लाहोरच्या कॉलेजचे विद्यार्थी म्हणून शारीरिक शिक्षण घेण्यासाठी माणिकरावांच्या आखाड्यात आले होते.
सावरकरांचे बंधू बाबाराव आणि त्यांचे मित्र दत्तात्रय केतकर बडोदा कॉलेजमध्ये दिवसा शिक्षण घेत आणि रात्री आखाड्यात नाशिक मित्रमेळाच्या संघटनाचे काम करत. १९०९ ला झालेल्या जॅक्सन हत्याकांडाच्या प्रकरणामुळे बाबाराव सावरकरांना स्वतःच्या इच्छेविरुद्ध बडोदा कॉलेज सोडावे लागले. पुढे दत्तात्रय केतकर बडोदा कॉलेजमध्ये प्राध्यापक झाले आणि माणिकरावांना सहकार्य करत राहिले. ब्रिटिश सरकारने माणिकरावांचा आखाडा बंद करण्यासाठी महाराजांवर अनेकदा दबाव आणला; पण महाराज प्रत्येकवेळी
