सुरतेच्या लुटीत मठालाच नव्हे तर कोणत्याही प्रार्थनास्थळाला स्वराज्याच्या सेनेने धक्का लावला नाही. इग्रंजांनी नेहमीच्या हुशारीप्रमाणे आपल्या वखारीच्या रक्षणासाठी एक मशीद व एक मंदिर आपल्या ताब्यात घेतले. ते बिधास्तपणे आणि अगदी सुरक्षितपणे तेथे राहिले. राजाच्या कोणत्याही सैनिकाने तेथे प्रवेश केला नाही किंवा काडीचाही त्रास दिला नाही. डचांचा एक हेर सुरतेच फिरून आला. प्रत्यक्ष शिवाजीची छावणीसुद्धा न्याहाळून आला. तरी त्याला कोणी हटकले नाही. कारण त्याने फकिराचा वेश धारण केला होता.
स्वराज्यावर आक्रमण करणारे कींवा चालून येणारे सुभेदार व सरदार कसे वागत याचाही विचार केला तर शिवाजीचा हा परधर्मीयाबद्दलचा धार्मिक उदारतेचा दृष्टिकोन त्या काळात अद्भुतच वाटतो. अफजलखान विजापूरहून निघाला तो मंदिर आणि हिंदूंची देवस्थाने फोडतच. तो स्वत:ला बिरुदे लावताना "कातिले मुतमीरंदाने व काफिरान। शिकंदर बुनियादे बुतान ॥" असे संबोधतो. म्हणजे "मी काफिर व बंडखोराची कत्तल करणारा व मूर्तीचा पाया उखडून टाकणारा आहे" असे तो सांगतो. याशिवाय "दीन दार बुतशिकन्" व "दीन दार कुफ्रशिकन्" (म्हणजे धर्माचा सेवक आणि मूर्तीचा विध्वंसक व धर्माचा सेवक आणि काफिराचा विध्वंसक) अशीही विशेषणे तो स्वत:ला लावताना दिसतो. असे विजापुरातील अफजलपुरात कोरलेल्या एका शिलालेखात म्हटले आहे. हा अफजलखान स्वराज्यात आला तो विध्वंस करतच. तुळजापूर, पंढरपूर, माणकेश्वर ही देवळे प्रत्यक्ष विजापूरच्या आदिलशहाच्या अमलाखाली होती. पण तरीसुद्धा ती फोडली. मूर्ती भ्रष्ट केल्या. तुळजाभवानी तर साक्षात शक्तिदेवता. राजाचे कुलदैवत. तुळजाभवानीची मूर्ती अफजलखानाने फोडली म्हणून अफजलखानाचा वध झाल्यानंतर राजाने त्या प्रेताचा सूड घेतला नाही. खानाचे शीर राजगडावर पाठविताना त्याचा योग्य तो मान ठेवला एवढेच नव्हे, तर त्याची पूजाअर्चा व नैवेद्यव्यवस्था नीट चालवली. अफजलखानाचे शीर राजगडाच्या बालेकिल्ल्याच्या दरवाजातील कमानीत बसवले. खानाच्या प्रेताचा सन्मानपूर्वक अंत्यविधी प्रतापगडाच्या पायथ्याशी त्यावेळी केला याची साक्ष आजही तेथे आहे. डॉ. हेलन इ.स. १६७० मध्ये राजापुरात आला होता. तो लिहितो, "शिवाजीची प्रजा त्याच्याप्रमाणे मूर्तिपूजक आहे; परंतु तो सर्व धर्माचा प्रतिपाल करतो. या भागातील अतिशय धोरणी मुत्सद्दी राजकारणी पुरुष म्हणून तो विख्यात आहे."
औरंगजेबाने जेव्हा जिझिया कर लावला तेव्हा शिवाजीने त्याला पत्र लिहिले आहे. त्यातील काही वाक्ये अशी:
