राजाच्या धार्मिक उदारतेची प्रशंसा करताना खाफीखान हा शत्रूपक्षीय इतिहासकार, औरंगजेबाचा चरित्रकर्ता लिहितो, "शिवाजीने आपल्या सैनिकांकरिता असे सक्त नियम घालून दिले होते की, सैनिक ज्या ठिकाणी लुटालूट करण्यासाठी जातील तेथे त्यांनी मशिदी, कुराणग्रंथ किंवा कोणत्याही स्त्रीस त्रास देऊ नये. जर एखादा कुराणाचा ग्रंथ त्याच्या (शिवाजी) हाती आला तर त्याबद्दल पूज्य भाव दाखवून तो (शिवाजी) हाती आपल्या मुसलमान नोकराच्या स्वाधीन करीत असे."
राजाचा असा गौरवपूर्ण उल्लेख औरंगाजेबाच्या चरित्रकारास करावा लागतो. कारण त्याने परधर्मीयांबद्दल दाखविलेली आत्मीयतेची भावना. राजाने आज्ञापत्रे देत असताना मौजे कारी तालुका इंदापूरच्या काझी सैतला खिजमती मशिदीच्या व्यवस्थेबद्दल इनामपत्र दिले आहे. (२५ ऑक्टोबर १६४६) म्हणजे वयाच्या अवघ्या सोळाव्या वर्षीच राजाने परधर्मीयांकडे बघण्याचा हा दृष्टिकोन स्वीकारला होता हे या पत्रावरून दिसून येते. १६४७ मधील पत्रात भांबुर्डे येथील मुल्लाअली, मुल्ला अब्दुला यांच्या मशिदीच्या दैनंदिन खर्चासाठी भांबुर्डे येथे जमिन इनाम दिलेली आहे. २० नोव्हेंबर १६५३ रोजी इंदापूर येथील मशिदीच्या व्यवस्थेसाठी १ चावर जमीन व तेल स्वराज्याच्या खजिन्यातून देण्यात आले आहे. १६५६ च्या एका पत्रात मशिदीमध्ये खुद्बा वाचणारा काझी इब्राहीम व शरिफ यास त्याच्या वडिलांपासून चालत आलेले इनाम मलिक अंबर खुर्दखत वजिराच्या कारकिर्दीपासून चालत आले होते. हे इनाम मुरारपंतांच्या स्वारीच्या वेळी तुटले. सदर इनाम राजाने पुन्हा सुरू केले. एवढेच नव्हे तर फुरसुंगी येथील मशिदीच्या व्यवस्थेत मुकादम चांदखान हा ढवळाढवळ करतो अशी मशिदीचा काझी कासिम याची तक्रार होती. राजाने आपल्या हवालदारामार्फत चांदखानास ताकिद देऊन अशा पद्धतीने ढवळाढवळ होऊ न देण्याबद्दल फार कठोरपणे बजावले आहे. राजा परधर्मीयांच्या देवस्थानबद्दल कसे वागत याचा हा महत्त्वाचा धावता उल्लेख आहे. राजाचे हिंदू धर्मावर नितांत प्रेम होते याबद्दल शंका असण्याचे कारण नाही. पण दर्गा, मशिदी आणि प्रार्थनास्थळे यांचासुद्धा तो तितकाच आदर करीत असे.
सुरत लुटीच्यावेळी दि. ६ जानेवारी १६६४ ला सायंकाळी रेव्हरंड फादर ॲम्ब्रॉस हा ख्रिश्चन मठाधिपती राजाला भेटायला आला होता. सुरतेतील गरीब ख्रिश्चनांच्या रक्षणाबद्दल तसेच सैन्याच्या हिंसेला बळी पडावे लागू नये अशी विनंती त्याने राजाला केली. राजाने त्याला सर्वतोपरी अभय दिले. सुरतेच्या प्रचंड लुटालुटीत आणि जाळपोळीत ॲम्ब्रॉसच्या मठाला केसाइतकासुद्धा धक्का लागला नाही.
