स्वराज्याची उभारणी करताना त्यांना जास्तीत जास्त त्रास दिला, मनस्ताप दिला, तो स्वकियांनीच. अगदी रक्ताच्या नात्याच्या आणि जवळच्या लोकांनीसुद्धा हयगय केली नाही. राजाला स्वराज्यरचनेच्या कामी परकियांविरुद्ध जितके जास्त वेळा लढावे लागले त्यापेक्षा जास्त वेळा त्यांना स्वकियांविरुद्ध हत्यार उपसावे लागले. स्वकियांनी आपले राज्य, स्वराज्य असावे या भावनेपेक्षा आदिलशहाच्या दरबारात निजामशहाकडे किंवा दिल्लीश्वराच्या मोगल तख्तातील एखादी मनसब, जहागिरी, वतनदारी, देशमुखी आपल्याला मिळाली पाहिजे या एका आकांक्षेपोटी स्वराज्याशी सतत बेईमानी केली. सनदांच्या तुकड्यासाठी स्वजनांचा विरोध अन् परकियांपुढे लाचारी व लांगूलचालन केले. स्वकीयांच्या, आप्तांच्या, स्वजातिधर्माच्या या लोकांमुळे राजाचे उभे आयुष्य स्वराज्याची उभारणी करीत असताना स्वकियांशी लढून त्यांच्या बंदोबस्त करण्यातच गेले. यासाठी प्रसंगी त्याला अतिशय कठोर व्हावे लागले. त्यातून त्याचे मामा, सुपे परगण्याचे वतनदार संभाजीमामा मोहिते हेसुद्धा सुटले नाहीत. सुपे परगणा शहाजीराजांची जहागिरी होती. ती राजांनी व्यवस्थेसाठी संभाजी मामा मोहितेकडे सोपविली होती. संभाजी मोहिते सुप्याच्या गढीवरूनच जहागिरीचा कारभार चालवत. चिमाजी गुंडो कुलकर्णी नावाच्या माणसाचे वतन विसाजी व रामजी पणदरकर नावाच्या भावांना दांडगाईने, अन्याय्यमार्गाने मिळवून देण्याकरिता विसाजी व रामजी यांनी या मोहितेमामांना एक घोडी व १५७/- रुपये लाच दिली होती. मोहितेमामांनी चिमाजी गुंडो कुलकर्णी हा आपले वतन आपण सांगेल तसे बदलून देत नाही म्हणून त्यास तीन महिने तुरुंगात डांबून ठेवले. तुरुंगात छळ करून जबरदस्तीने वतनाची सोडचिठ्ठी लिहून घेतली. चिमाजी सुटकेनंतर सरळ गेला तो कर्नाटकात शहाजीराजांकडे. शहाजीराजांनी राजाच्या नावाने पत्र लिहून चिमाजीच्या फिर्यादीची चौकशी व्हावी असे लिहिले. पण शहाजीराजांचे हे पत्र येण्याआधीच शिवाजी आपल्या निवडक सहकाऱ्यांना घेऊन सुप्यास पोहोचला होता. राजाने मामांना सरळे सांगितले, "सुपे ठाणे परगणा आमच्या स्वाधीन करा." मामांनी साफ इन्कार केला. "आमचे मालक शहाजीराजे. आपण कोण हुकूम करणार?" आपल्या मामाचा बेत सुभ्याचा ताबा देण्याचा नाही असे दिसताच राजाने मावळ्यांना हुकूम केला आणि मामा कैद झाले. सुप्याच्या गढीचा ताबा घेतला (२४ सप्टेंबर १६५६).
जावळीचे चंद्रराव मोरे असेच. चंद्रराव मोऱ्यांकडे दहा बारा हजार फौज होती. महाबळेश्वरापासून महाडपर्यंतचा डोंगर भाग व बव्हंशी सातारा जिल्हा त्यांच्या ताब्यात होता. जावळीसारख्या मोक्याच्या भागावरील सत्तेमुळे जावळीचे मोरे वाईचा