संरक्षण खंड थोरात-पाटील, शंकर पांडुरंग कमांडरच्या पदावर असताना तेथील परिस्थिती कोणाची भीडभाड न राखता थोरातांनी कणखरपणे हाताळली. याच काळात शेकडो संस्थाने भारतात विलीन झाली. तेव्हाचे गृहमंत्री सरदार वल्लभभाई पटेल यांनी ही नाजूक समस्या कणखरपणे व कुशलतेने सोडविली. त्या वेळी विविध संस्थानांच्या सैन्यांतील आवश्यक त्या अधिकारी व सैनिकांना भारतीय सैन्यात सामावून घेण्याचे काम थोरात यांच्यावर सोपविण्यात आले. ते त्यांनी समर्थपणे पार पाडले. १९५३मध्ये संयुक्त राष्ट्रसंघाने भारत सरकारला कोरियामध्ये ‘कस्टोडियन फोर्स’ पाठविण्याची विनंती केली. या जबाबदारीच्या कामावर कमांडर म्हणून थोरातांची नियुक्ती झाली. त्यांच्या आधिपत्याखाली पाच हजार जणांची सेना होती. अमेरिका, चीन, दक्षिण व उत्तर कोरिया यांच्यातील धुमश्चक्रीत कोरियाचा सत्यानाश झाला होता. उत्तर कोरियाचे पंचावन्न हजार कैदी काबूत ठेवून त्यांच्या पुनर्वसनाच्या व्यवस्थेची अतिशय जोखमीची जबाबदारी थोरात यांच्या शिरावर येऊन पडली. एका स्फोटक प्रसंगी उत्तर कोरियन कैद्यांच्या चिडलेल्या तुकडीने एका भारतीय अधिकार्‍याला ओलीस धरून हाताला मिळेल त्या साधनांनी थोरात व त्यांच्या सहकार्‍यांवर हल्ला केला. थोरात यांनी ही कठीण परिस्थिती अशा कौशल्याने हाताळली, की जिवावर उठलेल्या कैद्यांचा जथा थोरात यांचा जयघोष करीत माघारी गेला. सर्व जगात थोरात यांच्याबरोबरच देशाचीही मान उंचावली गेली. या असामान्य धैर्यासाठी त्यांना ‘अशोकचक्र’ (वर्ग २) हा वीरसन्मान देण्यात आला. त्यानंतर त्यांची पूर्व पंजाबच्या एरिया कमांडरपदी नियुक्ती झाली. फाळणीमध्ये मुख्यत्वे सिंध व पंजाब प्रांताचे तुकडे पडले होते. तेव्हा राजस्थानपासून ते पूर्व व पश्चिम पंजाबमधील पठाणकोटपर्यंत संरक्षण रेषा आखण्याचे व या नव्या सरहद्दीवर संरक्षक ठाणी बांधण्याचे जोखमीचे व दूरगामी परिणाम करणारे काम थोरात यांनी तडीस नेले. थोरातांचे युद्धातील कर्तृत्व, फाळणीच्या काळात केलेले विविध प्रकारचे कार्य आणि अजोड बुद्धिमत्ता लक्षात घेऊन, सर्वांत ज्यूनियर मेजर जनरल असूनही जनरल करिअप्पा यांनी त्यांना ‘चीफ ऑफ जनरल स्टाफ’ या अतिमहत्त्वाच्या पदावर नियुक्त केले. या पदावर असताना त्यांना प्रामुख्याने परराष्ट्रातून भारतावर हल्ले झाल्यास त्याला तोंड कसे द्यायचे यावर संभाव्य लढाईचे आराखडे तयार करण्याची जबाबदारी होती. १९५७ ते ५९ या काळात त्यांनी ईशान्य सरहद्द प्रांत (नेफा- सध्याचा अरूणाचल प्रदेश) या प्रदेशातील पहाड, दर्‍या, खिंडी अक्षरश: पायाखाली तुडवून या सीमेवरचे गांभीर्य जाणले. भारतावर कोणत्या देशाकडून आणि कुठल्या सरहद्दीवरून हल्ला होण्याची शक्यता आहे व तो परतवून लावण्यासाठी कशी योजना आखावयास हवी, याचा आराखडा व आकडेवारीसह तपशीलवार समग्र अहवाल स्पष्ट व परखड शब्दांत, पदाची तमा न बाळगता, दि.८ ऑक्टोबर १९५९ रोजी तेव्हाचे सरसेनापती जनरल थिमय्यांच्या शिफारशीसह संरक्षणमंत्री व्ही.कृष्ण मेनन यांना सादर केला. मेनन यांनी त्याची दखल घेतली नाहीच; पण त्याउलट भारत-चीन संबंध मैत्रीचे असून थिमय्या-थोरात यांच्यासारखे ज्येष्ठ सैनिकी अधिकारी अकारण या गोष्टीचा बाऊ करीत असल्याचा शेरा मारला व त्यांची हेटाळणी केली. तत्कालीन पंतप्रधान जवाहरलाल नेहरू यांचाही तसाच समज करून दिला. शिल्पकार चरित्रकोश ४४७
