विद्यार्थ्यांच्या हस्तलिखिताच्या संपादनातून या कार्याचा प्रारंभ केला. पुढे ४ नोव्हेंबर, १९२४ मध्ये सावंतवाडीहून ‘वैनतेय' साप्ताहिक सुरू झाले. त्याच्या सहसंपादकांपैकी खांडेकर एक होते. विशेषतः त्यातील वाङ्मय विभागाचे ते संपादन करीत असत. या साप्ताहिकात संपादनाबरोबर बातमीदार, स्तंभलेखक म्हणूनही खांडेकरांनी लेखन केलं. अनेक अग्रलेख, परीक्षणे लिहिली. पटकथा लेखक म्हणून शिरोडे सोडून कोल्हापूरला जाईपर्यंत (१९३६-३८) 'वैनतेय'मध्ये ते लिहीत राहिले.
याच दरम्यान ते ‘प्रतिभा'च्या संपादनकार्यात सक्रिय होते. सन १९३६ ते ३८ कालखंडात त्यांनी ज्योत्स्ना' मासिकाचे संपादन केले.
ग्रंथ संपादनाच्या क्षेत्रातील कार्यास त्यांनी 'गडकरी : व्यक्ती व वाङ्मय' (१९३२) ने प्रारंभ केला. पुढे ‘आगरकर : व्यक्ती आणि विचार (१९४५)', ‘वामन मल्हार जोशी : व्यक्ती आणि विचार' (१९४८), ‘निवडक कोल्हटकर' (१९७२), ‘समग्र कोल्हटकर' (भाग १ व २), (१९७२ व ७५), ‘एस. एम. जोशी गौरवग्रंथ' (१९६४) सारख्या ग्रंथांचे संपादन करून खांडेकरांनी मान्यवर साहित्यकारांचे व्यक्तित्व, विचार व साहित्य सम्यक स्वरूपात सादर करून आपल्या संपादन कौशल्याची प्रचिती दिली.
वि.स.खांडेकरांनी मराठी साहित्यातील मान्यवर कथाकारांच्या उल्लेखनीय कथांचे संग्रह संपादित करून त्यांना दीर्घ प्रस्तावना लिहून मराठी कथेचा आपला व्यासंग सिद्ध केला. चिं. वि. जोशी, वि. वि. बोकील,दिवाकर कृष्ण, द.र.कवठेकर,यांच्या कथांचे संग्रह खांडेकरांनी संपादित केले. शिवाय काही प्रातिनिधिक कथाकारांच्या कथांचेही. मुक्या कळ्या'(१९४७),‘गुदगुल्या'(१९४८),‘गारा आणि धारा'(१९४८), ‘पाच कथाकार' (१९४९), ‘इंद्रधनुष्य' (१९४९), 'निवडक दिवाकर कृष्ण' (१९६९) हे कथासंग्रह वि. स. खांडेकरांनी संपादित करून मराठी कथेचे प्रातिनिधिक रूप व वैशिष्ट्ये प्रस्तुत करण्याचे ऐतिहासिक कार्य
केले.
कथांप्रमाणेच खांडेकरांनी काही कादंबऱ्या संपादित स्वरूपात मराठी वाचकांनी सादर केल्या. विशेषतः विद्यार्थ्यांसाठी एखादी कादंबरी सुलभरीत्या संक्षिप्तपणे सादर करण्याची खांडेकरांची धडपड असायची. साने गुरुजी,वा.म.जोशी यांच्या ‘आस्तिक' (१९४९),‘रागिणी' (१९५९),‘सुशीलेचा देव' (१९५३) सारख्या कादंबऱ्या खांडेकरांच्या संपादनाची उदाहरणे होत.
