कार्यकर्त्याला गोंधळात पाडणारी होती. काँग्रेसच्या विरोधात जनता दलाचा वा अन्य कुठल्या डाव्या पक्षाचा उमेदवार नसेल, व त्याऐवजी एखाद्या 'जातीयवादी' पक्षाचा उमेदवार असेल, तर तो उमेदवार निवडून येऊ नये म्हणून त्या मतदारसंघात मात्र काँग्रेसला पाठिंबा द्यायचे त्यांनी जाहीर केले. आजवर ते इंदिरा काँग्रेसला आपला शत्रू क्रमांक १ मानत आले, पण या वेळी मात्र भाजप हा पक्ष त्यांनी जातीयवादी म्हणून आपला सर्वांत मोठा शत्रू ठरवला. त्यामळे ज्या नाशिकमध्ये शेतकरी संघटनेने दिलेल्या जोरदार पाठिंब्यामुळे पुलोदने सर्व काँग्रेस उमेदवारांचा पराभव केला होता, त्याच नाशिकमध्ये या निवडणुकीत मात्र शरद जोशींनी काँग्रेस उमेदवाराला आपला पाठिंबा जाहीर केला. यामुळे जनतेच्या मनातील जोशींची प्रतिमा डागाळली; त्यांच्या नेमक्या भूमिकेविषयी संभ्रम निर्माण झाला व एकूणच संघटनेची मतदारांमधील विश्वासार्हता ढासळली. यानंतरच्या कुठल्याच निवडणुकीत जनतेने शेतकरी संघटनेचा एक राजकीय पर्याय म्हणून विचारच केला नाही.
जनता दलाच्या महाराष्ट्रातील बहुसंख्य नेत्यांच्या मनातील शेतकरी संघटनेविषयी राग होता. केवळ सिंग यांच्याकडे पाहून शेतकरी संघटनेने जनता दलाशी असलेले संबंध, लहानमोठ्या नेत्यांकडून होत असलेले अनेक अपमान पचवूनही, कायम राखले होते. पण मधल्या काळात आपले रस्ते आता वेगळे झाले आहेत हे सिंग आणि जोशी दोघांनाही कळून चुकले होते. अशा परिस्थितीत जनता दल आणि संघटना यांच्यातील फारकतीला सुरुवात झाली. ३० डिसेंबर १९९३ रोजी ही फारकत पूर्ण झाली. त्या दिवशी महाराष्ट्र विधानसभेचे सभापती मधुकरराव चौधरी यांनी एक पत्र सभागृहात वाचून दाखवले. जनता दलाच्या चिन्हावर निवडून आलेल्या शेतकरी संघटनेच्या पाच आमदारांनी सभागृहात एक स्वतंत्र गट म्हणून बसण्याचा आपला निर्णय त्या पत्राद्वारे कळवला होता. जनता दलाचे एकूण १४ आमदार होते व त्यांतील पाच म्हणजे एक तृतीयांशहून अधिक होते. साहजिकच पक्षांतरबंदी कायद्यानुसार सभापतींनी त्यांना तसे करण्यास आडकाठी आणली नाही. शेतकरी आंदोलनाच्या इतिहासातील राजकीय आघाडीच्या एका कालखंडावर अशा प्रकारे पडदा पडला.
यानंतर सुमारे दीड वर्षांनी, फेब्रुवारी १९९५ मध्ये स्वतंत्र भारत पक्ष व समविचारी पक्षांच्या २०२ उमेदवारांसमवेत स्वतः शरद जोशी यांनी स्वतंत्र भारत पक्षाचे उमेदवार म्हणून हिंगणघाट (वर्धा) व बिलोली (नांदेड) या दोन मतदारसंघांतून विधानसभेची निवडणूक लढवली. दुर्दैवाने या दोन्ही निवडणुकांत ते पराभूत झाले. हिंगणघाट मतदारसंघात त्यांना ३९,९७१ मते पडली, तर विजयी उमेदवार शिवसेनेचे अशोक शामरावजी शिंदे यांना ४३,९६४ मते पडली. बिलोली मतदारसंघात जोशींना ५३,०६६ मते पडली, तर विजयी उमेदवार काँग्रेसचे भास्करराव बापूराव पाटील यांना ६१,४१२ मते पडली.
त्यानंतर वर्षभरातच १९९६ साली जोशींनी नांदेड मतदारसंघातून लोकसभेची निवडणूकही लढवली. त्यावेळीही ते पराभूत झाले. काँग्रेसचे गंगाधरराव मोहनराव कुंटूरकर
